在普通豆粕中，含有的胰蛋白酶抑制因子、植酸、低聚糖和非淀粉多糖等。
胰蛋白酶抑制因子鏈環(huán)結構中暴露的氨基酸殘基(活性部位)能夠與胰蛋白酶中的氨基酸發(fā)生絡合作用，使蛋白酶失去酶解能力，抑制胰蛋白酶的活性。
另外，大豆中含有的植酸也能和蛋白質的堿性殘基結合，抑制胰蛋白酶活性。低聚糖和非淀粉多糖也是豆類的重要組成部分，它們能粘結魚類的膽汁酸，降低消化酶活力，能夠粘合魚類腸內的礦物元素，進而阻礙營養(yǎng)物質在腸內的運輸。
相比于普通豆粕，發(fā)酵豆粕的優(yōu)點就在于發(fā)酵過程中去除了大部分的抗營養(yǎng)因子，以及大分子蛋白質被水解為小分子蛋白質、肽類和游離氨基酸，使其適口性和營養(yǎng)價值都得到極大改善。有研究發(fā)現發(fā)酵能使大豆內部主要結構發(fā)生生化反應致其可溶性及體外消化率明顯得到提高。程秋根等報道，去皮豆粕經發(fā)酵后，草魚對其蛋白質的離體消化率比發(fā)酵前提高23.15％。