可用作益生素的微生物種類很多，美國FDA規(guī)定允許飼喂的微生物有42種，1999年我國農(nóng)業(yè)部批準使用的微生物品種有12種，包括蠟樣芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌、糞鏈球菌、雙歧桿菌、乳酸桿菌和乳鏈球菌等。但實際上真正適用于配合飼料的活體微生物群主要是乳酸桿菌、類鏈球菌、芽孢桿菌、雙歧桿菌和酵母菌，其中酵母菌和乳酸菌是應用最為廣泛的微生物制劑。

益生素添加劑的分類有不同的方法。根據(jù)產(chǎn)品用途及作用機制分為微生物生長促進劑和微生物生態(tài)治療劑；根據(jù)產(chǎn)品組成分為單一微生物添加劑和復合微生物添加劑；而實際應用中使用最多的分類方法是按菌種類型來分。主要有：乳酸菌制劑、芽孢桿菌制劑、真菌及活酵母類制劑和光合細菌類制劑四種。